（一）病因
急性咳嗽的常见病因为普通感冒和急性气管-支气管炎。
哮喘、慢性支气管炎和支气管扩张等原有疾病的加重也可导致急性咳嗽。
此外，环境因素或职业因素暴露越来越多地成为急性咳嗽的原因。
亚急性咳嗽最常见的原因是感染后咳嗽，其次为咳嗽变异性哮喘、嗜酸粒细胞性支气管炎、上气道咳嗽综合征等。
引起慢性咳嗽的病因众多，常见病因包括咳嗽变异性哮喘、上气道咳嗽综合征、嗜酸粒细胞性支气管炎、胃食管反流性咳嗽和变应性咳嗽，上述病因约占慢性咳嗽病因的70%~95%。
国内的多中心调查显示，咳嗽变异性哮喘占比最高，达32.6%，随后分别是上气道咳嗽综合征及嗜酸粒细胞性支气管炎。
近年研究提示，随着生活方式等改变，我国胃食管反流性咳嗽的比例有上升趋势。
慢性咳嗽的一些其他病因还包括慢性支气管炎、支气管扩张症、气管-支气管结核、血管紧张素转换酶抑制剂（ACEI）等药物性咳嗽、支气管肺癌和心理性咳嗽等。少见和罕见咳嗽病因所占比例很少，但涉及病因繁多，相当部分属于肺外疾病，临床诊断比较困难。
多数慢性咳嗽患者可获明确诊断，并在针对性治疗后治愈或缓解。然而，有一部分慢性咳嗽患者即使进行了全面检查、治疗之后，病因仍无法明确，称之为不明原因慢性咳嗽或特发性咳嗽。此类患者以慢性刺激性干咳为主要表现，对外界刺激较敏感，普遍存在咳嗽高敏感性，近年来亦称之为"咳嗽高敏综合征"。
（二）病理生理机制
疾病状态下的非自主咳嗽由完整的咳嗽反射弧参与完成。咳嗽反射弧由咳嗽外周感受器、迷走传入神经、咳嗽高级中枢、传出神经及效应器（膈肌、喉、胸部和腹肌群等）构成。
咳嗽感受器、传入神经以及高级中枢的任一环节受到影响，都有可能导致咳嗽的发生。由于咳嗽反射传入神经分布较广，因此除了呼吸系统疾病外，消化、心血管、耳鼻喉等系统的疾患均可引起慢性咳嗽。
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